circos图要看懂，要弄清circos的工作原理，

一、核心的是配置文件config,它决定了circos每一圈读入什么数据，并且决定它们以什么形式进行展示（柱状图、散点图、），也可以包含颜色，字体等等。

为了便于模块化，config文件又分为多个子config文件，我们在主config文件中调用子config文件，最后将整理好的config文件传递给circos，可以画出各种样式的图。

circos最外圈一般为染色体的示意图（ideogram）

内圈为所要展示的数据，每一圈都是以最外圈为坐标，展示相应位置的突变信息，常见展示方式有scatter散点图、line、histogram直方图、heatmap、links.

二、circos图与直角坐标系类比：假如1号染色体的一段有2489个突变

平时我们直角坐标系（22，39545），在circos中坐标变为（hs1  28000000 28999999 0.002489） 第一个字符表示人的染色体编号（chr1），28000000表示染色体起始位置，28999999表示终止位置，这三个值已经确定了突变信息的位置（X值） ，0.002489表示该位置的值（Y值），chr1长度为0-249，以1Mb为单位，X轴表示染色体的一段区域，假如有2489个突变，则Y值：2489/(28999999-28000000) = 0.002489,表示在这一段范围内突变的密度。

  

                                       

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