primer3批量设计引物
核心程序调用 Primer3_core，基本用法：
primer3_core [ –format_output ] [ –default_version=1|–default_version=2 ] [ –io_version=3|–io_version=4 ] [ –p3_settings_file= ] [ –echo_settings_file ] [ –strict_tags ] [ –output= ] [ –error= ] [ input_file ]
参数简析：
*-format_output 让 primer3_core 产生人类易读的结果，否则产生机器易读的结果。
–default_version=n 默认设置为n=2，让primer3使用最新的默认设置；n=1则让程序使用 2.23 或之前版本的设置
–io_version=n n=3时，软件向低版本兼容；n=4是默认设置，能使用2.0版本和以后版本一些新功能。
–p3_settings_file=file_path 指定primer_core的设置文件，该设置文件的设定取代默认设置。当然，input file的设置也能取代这个文件的设置。
–echo_settings_file 打印出p3_settings_file中的设置信息。如果没有指定设置文件，或含有–format_output，则该参数失效
–strict_tags 要求严格的标签。如果设置文件中的标签不能被机器识别，则产生重大错误。
–error=file_path 指定错误信息输出路径，如果不指定，则输出到stderr中。
*-output=file_path 指定输出文件路径，如果不指定，则输出到标准输出。
*input_file 配置文件
配置文件设置
即为Boulder-IO格式的，每一个引物设计的记录的结尾以“=\n”进行分隔。
SEQUENCE_ID=example. #序列名字
SEQUENCE_TEMPLATE= #序列模版链，方向5’-3‘
SEQUENCE_INCLUDED_REGION= （start），（length） ##从第strat起，到后面length长度序列中设计引物
SEQUENCE_TARGET=（start），（length） ##从第strat起，到后面length长度序列为扩增目的片段，引物设计在这两侧
SEQUENCE_EXCLUDED_REGION=（start），（length）。 ##设计引物避开此区域
SEQUENCE_PRIMER_PAIR_OK_REGION_LIST。 ##SEQUENCE_PRIMER_PAIR_OK_REGION_LIST=100,50,300,50 ; 900,60,, ; ,,930,100
表明有引物设计有三种选择：
左引物在100～150bp区间进行设计，右引物在300～350bp的区间进行设计；
左引物在900～960bp区间进行设计，右引物随意；
右引物在930～1030bp区间进行设计，左引物随意。
SEQUENCE_OVERLAP_JUNCTION_LIST ##指定引物在此位置要有重叠。
PRIMER_TASK=generic
PRIMER_NUM_RETURN=1000 ##引物最大返回数量
PRIMER_DNA_CONC=500
PRIMER_DNTP_CONC=0.8
PRIMER_SALT_CORRECTIONS=1
PRIMER_SALT_MONOVALENT=50
PRIMER_SALT_DIVALENT=1.5
PRIMER_MAX_END_GC=2
PRIMER_MIN_GC=35
PRIMER_MAX_GC=65
PRIMER_MIN_TM=58
PRIMER_MAX_TM=64
PRIMER_OPT_TM=60
PRIMER_MIN_SIZE=20
PRIMER_MAX_SIZE=26
PRIMER_OPT_SIZE=22
PRIMER_PAIR_MAX_DIFF_TM=2
PRIMER_PRODUCT_SIZE_RANGE=100-180 ##引物长度范围
PRIMER_PICK_ANYWAY=1
=
关注下方公众号可获得更多精彩
版权声明：本文为zhanmaomao原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。