0 说明

  • 以 RScript 的形式运行 R 文件。
  • 确定需要的包安装在环境变量对应的 R应用软件 上，否则会显示找不到。
  • 推荐直接打开 R.exe 安装，而不是通过 Rstudio 安装。

1 安装R3.5.1

  • if (已经安装)

    • 确定版本是否>3.5.1
    • 找到 安装路径 例如：G:\R-3.5.1\
  • else

    • 去官网下载 windows mac
    • 安装并记录 安装路径

2 命令行运行R

  • 打开 CMD 或者 Terminal
  • 输入 R
  • if (能够打开)

    • 说明环境变量设置正确
  • else

    • 修改环境变量

      • if 系统 = mac
      • 打开 Terminal 输入
      

      • 

    

    • 



export PATH=”/Users/YOURNAME/R-3.5.1/bin:$PATH”

“`


    * __if__ (系统 = windows)
        * 搜索 环境变量 打开设置页面
            * __if__ (可以逐行修改)
                * 添加一行 输入 G:\R-3.5.1\bin\
            * __else__ 
                * 在原有的基础上添加;G:\R-3.5.1\bin\



3 安装BiocManager


    

  • 打开 CMD 或者 Terminal

    • 

  • 输入 R，进入R语言环境 

    

    • 



install.packages(“BiocManager”)

“`


    

  • 弹出页面，选择中国的镜像
    • 

  • 
if (安装错误)
    

      

    • 去 官网 下载，对应OS的安装包。找到 Windows binaries 或者 OS X binaries，下载 r-release。
      • 

    • 解压缩，里面是一个 BiocManager 文件夹。
      • 

    • 放到 安装路径/library 文件夹中
      • 

    

    • 



4 安装DECIPHER




BiocManager::install("DECIPHER")


    

  • 
if (提示 Rcpp 或者 RSQLite 安装失败)
    

      

    • 重复安装直到成功
      • 

    

    • 



install.packages("RSQLite") 


install.packages("Rcpp")


5 验证安装成功


    

  • 
CMD 或者 Terminal 中打开 R。
    library(DECIPHER)

    • 







        





							

   
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