群体遗传学基础分析技能

一、基于SNPs和INDELs估计遗传距离

Plink –file –distance-matrix –recode –out Distance.out 

生成两个文件：

1. Distance.out.mdist 

 

2.  Distance.out.mdist.id

 

 二、接下来基于遗传距离矩阵构建系统进化树软件使用

 /lustre/softs/phylip neighbor （邻接法）,输入mdist文件,生成outfile和outree

三、使用Figtree对outree聚类树的可视化

 

引自：Mingzhou Li at al.,  Nature genetics

 

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